Pirmą medinę bažnyčią Lukšiuose 1745 m. pastatė Veliuonos seniūnas A. T. Chodkevičius.
1839-1855 m. bažnyčioje dirbo vikaras ir rašytojas Antanas Tatarė. Čia jis išleido tris savo darbus: „Žiburys rankoje dūšios krikščioniškos“, „Tiesiausias kelias ing dangaus karalystę“, „Pamokslai išminties ir teisybės“, bei įkūrė pradedamąją mokyklą, kurioje pats ir mokytojavo. Žymiausias jo mokinys – Martynas Sederevičius.
Zyplių dvarininkas J. Bartovskis mirdamas paliko pinigų naujai bažnyčiai pastatyti. Pamatai buvo pakloti 1860 metais. Tačiau 1863 metais darbus nutraukė sukilimas. Išmūryta, bet be stogo, bažnyčia išstovėjo keletą metų. Pabaigta statyti tik 1877 m., o 1886 m. vyskupo J. Olekos konsekruota.
XIX a. antroje pusėje Lukšiuose kunigavo tautosakos rinkėjas, lietuviškos spaudos platintojas Simonas Skinkys, o XX a. pr. – poetas ir tautosakos rinkėjas Juozapas Skinkys.
Nepriklausomos Lietuvos metais bažnyčioje klebonavo V. Merkevičius, vikaru buvo visuomenininkas P. Grablikas.
1940 m. Lukšių parapija turėjo 3750 katalikų.
Po karo nepalankiomis okupacinėmis sąlygomis dirbo kunigai B. Ligeika, suimtas ir ištremtas, J. Babilius, P. Sitka, J. Kavaliauskas, J. Grigaitis, J. Gumauskas, K. Montvila, A. Akevičius, palaidotas bažnyčios šventoriuje.
1985 m. dirbti pradėjo kunigas poetas L. Kunevičius, pogrindyje ruošęs „Aušros“ leidinį. Jis pasirūpino ir bažnyčios remontu, šventorių papuošė paminklu Palaimintajam J. Matulaičiui.
Nuo 1990 m. klebonu buvo G. Pušinaitis, be pastoracinio darbo rūpinęsis labdara, palaikęs ryšius su mokyklomis, dalyvavęs įvairiuose renginiuose. Jo rūpesčiu 2000 m. pastatyta nauja klebonija. Statybas aukomis parėmė parapijos žmonės, Kanados lietuviai bei Anglijoje gyvenęs Juozas Domeika.
Šiuo metu klebono pareigas eina Vytautas Insoda. Bažnyčios chorui vadovauja vargoninkė Gražina Štrimaitienė. Bažnyčioje švenčiami atlaidai.
Šaltinis: Kristinos Ižganaitytės ekskursija ,,Atradimai Užnemunės miestuose ir miesteliuose"
